在1936/37赛季，加泰足联举办了一项由六支加泰球队和四支瓦伦西亚球队参加的赛事，这项赛事是用来取代由于战争被迫取消的联赛，巴萨成为地中海联赛的冠军。为了逃避战争，同时也是寻求资金来改善俱乐部可悲的财政状况，巴萨前往墨西哥和美国。有些球员甚至再也没有回到巴萨。1937年夏天，球队以民主、自由大使的身份受到墨西哥的接待。

1944年，约瑟夫-萨米蒂埃成为球队主帅

1944年，约瑟夫-萨米蒂埃成为球队主帅

1938年5月16日，弗朗西斯科·佛朗哥的军队进攻巴塞罗那时在巴塞罗那的社交俱乐部投掷了炸弹，造成了极大的损失。几个月后，巴塞罗那被佛朗哥军队占领。巴塞罗那足球俱乐部作为加泰罗尼亚主义的标志，会员人数被勒令减少到3486人，面临着巨大的生存问题。

1939年6月29日，LesCorts球场为举办一场比赛而正式重新开放。比赛由一大堆军人和当权者主持。俱乐部在赛前一场演讲中声明自己不再是反西班牙情绪的载体，而是要成为新政权下西班牙竞技的新偶像。

1940年3月，弗朗哥政府的官员恩里克·皮涅罗被任命为巴塞罗那主席，俱乐部的名字也被勒令从原来比较英国化的名字FutbolClubBarcelona改为了西班牙化的ClubdeFutbolBarcelona（1973年恢复了原来的名字），加泰罗尼亚旗上的4道红杠被勒令减少到了2道，直到1949年恢复原状。

1943年对皇家马德里的比赛中，巴塞罗那队员受到了裁判和警察的死亡恐吓。巴塞罗那主席皮涅罗虽然是法西斯分子，但最后厌烦了自己的俱乐部受到了马德里政府这样的待遇，最后辞职。

1944年，萨米蒂埃执教巴萨，赢得了1944/45西班牙联赛冠军，这是自1929年以来球队首个联赛冠军。

巴塞罗那获得了1944/45、1947/48、1948/49三个赛季的联赛冠军，还在1949年获得了拉丁杯的冠军。巴塞罗那在1949年举行了庆祝俱乐部50周年的庆典，会员达到了24893人，共获得了21座加泰罗尼亚杯冠军，9次西班牙杯冠军，4次联赛冠军。

五冠王朝（1950-1968）

60年代球队阵容

60年代球队阵容

1950年6月库巴拉加盟巴塞罗那。俱乐部在FerdinandDau?ík教练和库巴拉的带领球队获得了1951/52，1952/53赛季联赛冠军，还包办了1951/953三年的西班牙杯冠军。在1951/52赛季，巴塞罗那在由巴罗萨、塞萨尔、库巴拉、莫雷诺、曼科恩组成的锋线率领下成为了联赛、西班牙杯、拉丁杯、马丁杯、罗西杯冠军的五冠王。[9]

在1953年，俱乐部又赢得了西甲冠军和大元帅杯。同年，巴萨与河床达成协议，签下迪斯蒂法诺，拥有该球员的所有权。与此同时，皇马与迪斯蒂法诺当时正效力的米伦拿列奥俱乐部展开谈判。在弗朗哥分子的支持下，一个奇怪的结果诞生了，迪斯蒂法诺被规定轮流为两家球会效力。巴萨对这个裁定十分不满，并主动放弃了这名球员。库巴拉的巴萨和迪斯蒂法诺的皇马争斗多年，争夺西班牙足球的统治权。

伴随着库巴

60年代巴萨球员进球后

60年代巴萨球员进球后

拉、拉马莱茨、泰加塔和赛博尔的离开，巴萨的五冠王朝宣告结束。

随着新兴建的诺坎普体育场于1957年9月24日启用，巴塞罗那正式踏入一个新时代。